Решением Высшего Евразийского экономического совета от 11 сентября 2024 года Эльдар Алишеров назначен министром по интеграции и макроэкономике Евразийской экономической комиссии.

Алишеров имеет богатый опыт работы в органах государственной власти Кыргызстана. С 2022-го занимал должность заведующего отделом по делам Евразийского экономического союза администрации президента республики. Последние полтора года был министром по таможенному сотрудничеству Евразийской экономической комиссии.